本發明提供了一種基于藥物靶點相似性度量的中藥復方臨床療效與適應癥的比較分析方法。所述方法基于中藥復方的中藥化學成分及其對應的靶點(基因或蛋白),整合了生物網絡構建與模塊劃分、組方配伍加權、基因集對比分析及相似性度量等方法來比較不同中藥復方針對同一疾病或表型(癥狀)的臨床效益。具體步驟包括:獲取中藥復方的化學成分集合;獲取化學成分集合對應的作用靶點集合;構建靶點網絡及劃分網絡模塊;根據中藥復方的配伍關系進行相應的靶點加權;獲取疾病或表型(癥狀)的相關基因集合;中藥復方靶點、網絡和模塊靶點、加權靶點分別與疾病或表型基因進行基因集對比分析,利用相似性系數比較不同中藥復方對同一疾病或表型的相關性。本發明可應用于中藥復方臨床定位、中藥復方適應癥選擇、中藥復方比較效益分析等領域。
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