分析者預先從輸入部25與其他分析條件一起輸入作為第2次分裂之際的前體離子選擇基準的第1次分裂中脫離的碎片質量。若開始自動分析則依次執行MS1分析、MS2分析、MS3分析,而在該過程中,數據處理部23判定與由MS1分析得到的質譜上出現的譜峰對應的各離子種類的價數。另外,MS2分析結束后,在與由MS2分析得到的質譜中出現的譜峰對應的離子種類中考慮上述判定的價數搜索符合選擇基準的離子種類,并選定它作為MS3分析的第2次分裂的前體離子。這樣一來,不管對象離子的價數多少,都能使MSn分析的各級選擇、分裂的前體離子對應于在前一級分裂中脫離的碎片質量自動選定,由此能夠改善分析效率,同時獲得精度高的化學結構信息。
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