一種提高肽碎片化的方法,通過用胍基或其他堿性官能團在C末端標記肽并且在多肽測序期間區分同量異序氨基酸和以下氨基酸組合:天門冬酰胺和甘氨酸?甘氨酸;谷氨酰胺和甘氨酸?丙氨酸;和/或谷氨酰胺和丙氨酸?甘氨酸。該方法包括:獲得感興趣的肽和/或用如胃蛋白酶、糜蛋白酶或胰蛋白酶之類的蛋白酶水解或通過化學切割感興趣的多肽以產生較短的肽;將獲得和/或產生的肽與使肽的游離C末端羧酸官能衍生化的偶聯劑反應,因而添加使C末端肽碎片離子通過質譜可檢測的堿性官能團;選擇2+或更多的荷電狀態,且在質譜儀中在對于產生至少w離子有效的條件下使衍生化的肽碎片化;和通過質譜檢測w離子,且鑒別摻入堿性官能團的額外質量的衍生化的肽。
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